Генотипирование патогенных бактерий — инструмент контроля эпизоотической ситуации

Валерий П. Терлецкий, Валентина И. Тыщенко, Оксана Б. Новикова, Лидия Александровна Шинкаренко

Аннотация


Изложены основные методы генотипирования микроорганизмов с описанием их преимуществ и недостатков. Предложено использование недавно описанного авторами метода быстрой идентификации бактериальных штаммов на основе идеи двойного расщепления и избирательного мечения (ДРИМ). Метод основан на одновременном использовании 2 эндонуклеаз рестрикции и ДНК-полимеразы для избирательно включения биотиновой метки в ограниченное число получаемых фрагментов геномной ДНК бактерии. Детекция сигнала приводит к формированию четко различимых полос, образующих своеобразный «штрих-код», характерный для данного штамма. Обсуждаются вопросы его использования при выявлении путей распространения инфекции и определения источника патогена. Данный подход может быть эффективным инструментом, когда есть необходимость проследить пути и способы передачи патогена в условиях промышленных птицефабрик. Совпадение генетических профилей однозначно свидетельствует о контакте особей между собой либо с контаминированными объектами внешней среды. Особенно продуктивным генотипирование может оказаться при сравнении патогена из объектов на разных этапах технологического производства (инкубационные яйца, молодняк, взрослые особи, готовая продукция). Данные следует учитывать при планировании ветеринарно-профилактических мероприятий, направленных на разрыв эпизоотической цепи с целью недопущения дальнейшего распространения инфекции. Предлагаемый метод генотипирования отличается простотой в исполнении и не требует дорогостоящего специализированного лабораторного оборудования и сертифицированных помещений (ПЦР-лаборатория). Проведение генотипирования возможно непосредственно в производственных лабораториях на территории птицефабрик.

Ключевые слова


кишечная палочка; сальмонелла; патогены; генотипирование; ДНК; эндонуклеазы рестрикции; эпизоотология

Полный текст:

PDF

Литература


Bantawa K., Sah S. N., Subba L. D., et al. Antibiotic resistance patterns of Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Salmonella, Shigella and Vibrio isolated from chicken, pork, buffalo and goat meat in eastern Nepal / BMC Res. Notes. 2019. V. 12. No. 1. P. 766. DOI: 10.1186/s13104-019-4798-7.

Добрина М. Н. Нужен постоянный контроль сальмонеллеза / Животновод. России. 2011. № 3. С. 11 – 13.

Жебрун А. Б., Мукомолов С. Л., Нарвская О. В. Генотипирование и молекулярное маркирование бактерий и вирусов в эпидемиологическом надзоре за актуальными инфекциями / Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 2011. № 4. С. 28 – 36.

Werner G. Molecular typing of Enterococci/VRE / J. Bacteriol. Parasitol. 2013. S5 – 001. DOI: 10.4172/2155-9597.S5-001.

Терлецкий В. П., Тыщенко В. И., Новикова И. И. и др. Эффективный метод генетической паспортизации штаммов Bacillus subtilis — перспективных продуцентов биопрепаратов / Микробиология. 2016. Т. 85. № 1. С. 50 – 55.

Meisel S., Stöckel S., Elschner M., et al. Raman spectroscopy as a potential tool for detection of Brucella spp. in milk / Appl. Environ. Microbiol. 2012. V. 78. No. 16. P. 5575 – 5583.

Schürch A. C., Arredondo-Alonso S., Willems R. J. L., et al. Whole genome sequencing options for bacterial strain typing and epidemiologic analysis based on single nucleotide polymorphism versus gene-by-gene-based approaches / Clin. Microbial. Infect. 2018. V. 24. No. 4. P. 350 – 354. DOI: 10.1016/j.cmi. 2017.12.016.

Rumore J. L., Tschetter L., Nadon C. The impact of multilocus variable-number tandem-repeat analysis on PulseNet Canada Escherichia coli O157: H7 Laboratory Surveillance and Outbreak Support, 2008 – 2012 / Foodborne Pathog. Dis. 2016. V. 13. No. 5. P. 255 – 261. DOI: 10.1089/fpd.2015.2066.

Lartigue M. F. Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry for bacterial strain characterization / Infect. Genet. Evol. 2013. V. 13. P. 230 – 235.

Turki Y., Mehri I., Fhoula I., et al. Comparison of five molecular subtyping methods for differentiation of Salmonella Kentucky isolates in Tunisia / World J. Microbiol. Biotechnol. 2014. V. 30. No. 1. P. 87 – 98. DOI: 10.1007/s11274-013-1414-1.




DOI: https://doi.org/10.30906/1999-5636-2020-8-3-8

Ссылки

  • На текущий момент ссылки отсутствуют.


Наши партнеры:



    

 

Подписаться на наши издания Вы можете через почтовые каталоги агентства «Роспечать» и Объединенный каталог «Пресса России», а также на сайтах агентств «УП Урал Пресс», «Информнаука», «Прессинформ» и «Профиздат».

© Издательский дом «Фолиум», 1998–2023