Особенности генетической структуры трех популяций лососевых рыб, используемых в рыбном хозяйстве

Аннотация

Рассмотрен полиморфизм анонимных фрагментов ДНК в геноме 3 групп радужной форели, отличающихся по окраске — Альбино, Паломино и Янтарная дикой окраски. Фрагменты ДНК выявляли методом RAPD-PCR с использованием 10 праймеров. Показано, что праймеры значительно отличаются по своей дискриминационной способности, и лучшие результаты можно получить при одновременном использовании многих праймеров. Предложенный подход с использованием суммарной матрицы по всем 10 праймерам позволяет достичь лучших результатов генотипирования. Наибольшее число выявляемых фрагментов ДНК обеспечил праймер OPA-16. Некоторые фрагменты ДНК были практически мономорфными, т.е. встречались почти у всех рыб 3 групп. Многие праймеры позволили идентифицировать фрагменты, встречающиеся у одной группы с высокой частотой, а у другой — с низкой. Праймер UBC-509 обеспечил максимальное число выявляемых генетических локусов, достигающее 13,79 у рыб Янтарной дикой окраски. Данный праймер уступал праймерам OPA-16 и OPC-12 по числу детектируемых фрагментов ДНК, однако локусы имели достаточно высокий полиморфизм. Наибольшее генетическое расстояние отмечалось между группами Альбино и Янтарная дикой окраски (D = 0,0067). Внутрипопуляционное генетическое разнообразие рассчитывали по критерию средней гетерозиготности для каждого праймера в отдельности и по суммарной матрице. Группы Альбино и Паломино не отличаются друг от друга по уровню внутрипопуляционного разнообразия, а группа Янтарная дикой окраски характеризуется пониженным генетическим разнообразием.